Polaczenia neuronalne
Jądra te tworzą złożoną sieć wzajemnych połączeń neuronalnych, w której przekaz jest realizowany za pośrednictwem różnych mediatorów. Ogólną zasadą współdziałania jest, że wyżej położone jądro kontroluje czynność jądra położonego niżej, głównie przez hamowanie jego spontanicznej aktywności.
Wiele o czynnościach poszczególnych jąder tego układu dowiedzieć się można z danych filogenetycznych, ontogenetycznych ,i patologicznych. Uszkodzenie istoty czarnej powoduje zmniejszoną ruchliwość ubóstwo ruchów przy zwiększonym napięciu mięśni (hipertonía) sztywności ciała. Uszkodzenia jądra niskowzgórzowego dają objawy przeciwne, czyli hiperkinezję połączoną z hipotonią (nadmierna ruchliwość z wiotkością ciała). Wzmożona aktywność gałki bladej także objawia się zazwyczaj hipokinezją oraz hipertonía, podczas gdy wzmożone działanie skorupy i jądra ogoniastego powoduje hiperkinezję
z hipotonią. Zespoły chorobowe hipertonicznohipokinetyczne są określane jako parkinsonizm, natomiast zespoły hipotonicznohiperkinetyczne są zwane pląsawicą, atetozą lub hemibalizmem, zależnie od dodatkowych objawów.
Równocześnie wiadomo, że obszar pallidarny (gałka blada)wiąże się z masowymi, mało złożonymi ruchami ciała takimi, jakie obszar ten organizuje przy ruchach pływania u ryb.
Obszar strialny (jądro ogoniaste i skorupa) organizuje bardziej precyzyjne ruchy i kontroluje aktywność pallidajrną. Przejrzysty obraz tych oddziaływań można zaobserwować u nowo narodzonego dziecka.